Luego de la desbandada en Aculco y la lamentable derrota en Puente de Calderón el cambio fue total, la persecución de los principales cabecillas se intensificó y dio resultado con la captura masiva que de ellos hizo el traidor Ignacio Elizondo en Acatita de Baján.El golpe asestado por el movimiento armado de 1810 al otrora sólido sistema colonial fue devastador. En el momento de mayor auge las fuerzas lideradas por Miguel Hidalgo dominaban los territorios de Guanajuato y Michoacán, amenazaban seriamente la ciudad de Querétaro y la propia capital virreinal. Además, “el Amo” Torres controlaba Jalisco, incluyendo Guadalajara; el cura José María Mercado era dueño del estratégico puerto de San Blas en el occidente, y otro religioso, José María Morelos, iniciaba su gloriosa campaña en el sur.Sin embargo, luego de la desbandada en Aculco y la lamentable derrota en Puente de Calderón el cambio fue total, la persecución de los principales cabecillas se intensificó y dio resultado con la captura masiva que de ellos hizo el traidor Ignacio Elizondo en Acatita de Baján.Entonces todo el peso de la represión se hizo sentir sobre los líderes insurrectos. Aun antes de iniciados sus procesos judiciales se sabía que las sentencias serían definitivas, para escarmiento popular. Por ello, a mediados de 1811, el paredón de fusilamiento fue el destino de la mayoría.Con todo, la muerte misma representaba poca prenda para aliviar el orgullo herido del imperio español, de aquí que se mandase cortar las cabezas a los cuerpos de Hidalgo, Allende, Aldama y Jiménez para colocarlas en el escenario de su triunfo más significativo: la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato.Según el historiador Liceaga, junto a ellas se leía esta explicación: “Las cabezas de Miguel Hidalgo, Ignacio Allende, Juan Aldama y Mariano Jiménez, insignes facinerosos y primeros caudillos de la revolución, que saquearon y robaron los bienes del culto de Dios y del real erario, derramaron con la mayor atrocidad la inocente sangre de sacerdotes fieles y magistrados justos, y fueron causa de todos los de sastres, desgracias y calamidades que experimentamos y que afligen y deploran los habitantes todos de esta parte tan integrante de la nación española”.¿Persuadió la exhibición de aquellos restos a la juventud local para alejarse de la rebelión?… Es poco probable si atendemos el gran número de adeptos que llegaron a reunir Albino García, el padre Torres, Mina, los Pachones, Pedro Moreno y tantos otros guerrilleros de la región… No obstante, los cráneos permanecieron más de una década en jaulas de hierro, colgadas en las cuatro esquinas del célebre almacén.En 1821 a la victoria del movimiento trigarante en nuestra intendencia, Anastasio Bustamante mandó inhumar los despojos de aquellos caudillos, en el cementerio del Templo de San Sebastián. Y el 31 de agosto de 1823 los venerables cráneos fueron exhumados para ser conducidos a la ciudad de México, al Altar de los Reyes en la Catedral Metropolitana.Siguiendo el relato de Lucio Marmolejo, la exhumación se realizó conforme al ceremonial católico, los restos fueron colocados en una urna ricamente adornada, la cual fue conducida en hombros por algunos integrantes de la diputación provincial y otras corporaciones civiles, militares y religiosas.Durante el trayecto a la iglesia parroquial el luto se mostró en el toque de las campanas, lo mismo que en la vestimenta negra de los asistentes. La solemne procesión fue acompañada además por un cuerpo de tropa, mismo que rindió los honores de ordenanza correspondientes a los capitanes generales.Al día siguiente se efectuó en la propia iglesia un oficio de difuntos y posteriormente se llevó la urna hasta la salida de la ciudad donde quedó al cuidado de la escolta encargada de su traslado a la capital mexicana.Se sabe, como dato curioso, que la urna llegó a la Hacienda de Burras en la tarde de aquel 1 de septiembre bajo una tormenta, motivo por el cual la escolta solicitó alojamiento a José Mariano de Sardaneta y Llorente, propietario de aquellas tierras. El también segundo Marqués de Rayas, un noble promotor de las ideas nacionalistas, recibió gustoso a los militares y abrió la capilla de la finca para que en ella fuesen velados los restos mortales.Al amanecer del martes 2 el marqués dio la bienvenida al cura de Marfil, a quien había mandado llamar para que oficiara una misa con dos cantores en memoria de los héroes antes que la caravana continuase su marcha; una marcha que en la historia de nuestro país no se detuvo hasta reunir los cráneos con sus respectivos cuerpos en la Columna de la Independencia, monumento inaugurado por el presidente Porfirio Díaz en 1910, como justo homenaje a los primeros jefes independentistas.